Demi terwujudnya visi tersebut, terdapat beberapa misi yang diemban oleh Pondok Pesantren Nurul Huda sebagai berikut :

1. Penanaman keimanan dan ketakwaan kepada Allah serta pembinaan akhlakul karimah.
2. Pengembangan pendidikan keilmuan dan wawasan.
3. Pengembangan minat dan bakat.
4. Pengembangan keterampilan dan keahlian.
5. Pengembangan kewirausahaan dan kemandirian.
6. Penanaman kesadaran hidup sehat dan kepedulian terhadap lingkungan.
7. penanaman tanggung jawab kemasyarakatan dan kebangsaan.